Muitas são as teorias e versões sobre a origem do Ninjutsu, assim como o são os mitos, fantasias e exageros a seu respeito.
Não é possível constatar com exatidão a origem de uma arte que se desenvolveu no anonimato, e sobre a qual não existem quaisquer evidências documentadas, que eventualmente pudessem dar suporte a qualquer teoria específica. Sabe-se, porém, que inicialmente esta arte foi criada como uma forma, ainda que um tanto obscura, de reação contra os valores políticos, sociais e religiosos do Japão feudal, totalmente dominados pela elite Samurai. Daí a necessidade de ter se conservado durante séculos coberta pelo mistério e pela falta de clareza sobre sua história. Os guerreiros que posteriormente seriam chamados de Ninja não adotavam para si mesmos tal rótulo, conservando-se ocultos o máximo possível.
Há, todavia, uma certeza sobre a arte do Ninja: seu desenvolvimento não se deu da mesma maneira que as outras Artes Marciais. Deu-se de forma gradual, com absorção e mistura de vários traços culturais, principalmente religiosos e marciais, chineses e japoneses. Pode ser chamada de Kobujutsu (arte guerreira antiga), sendo considerada pouco convencional, tanto em sua prática quanto na sua filosofia. Conclui-se que o Ninjutsu foi provavelmente desenvolvido entre o século X e XIV, com a chegada de um expressivo número de imigrantes e de Samurai foragidos, cujos exércitos foram derrotados em batalhas, que procuraram refúgio nas selvas das remotas montanhas das regiões japonesas de Iga e Koga. Esse isolamento auto-imposto permitiu que esses grupos desenvolvessem técnicas de combate e outras artes, originando assim a arte Ninja.